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ABINITの練習

インストールと初期設定

複数の外部ライブラリに依存していることもあり、ソースからコンパイルする難易度は高めです。 お手軽な方法として、Linuxで、condaを利用したコンパイル済みバイナリの導入を紹介します。 MPI並列にも対応しています。

conda install -c conda-forge abinit

サンプル（チュートリアル例題）はインストールされませんので、公式サイトから配布物をダウンロードして展開します。 展開した最上位ディレクトリを$ABINITと記します（例えば~/abinit-9.6.2）。

観葉設定用のスクリプトが用意されていますが、使い方がわからないので自分で設定します。

`set_abienv.sh`について

公式ドキュメントには、以下のように環境変数を設定するように書かれています。 ```sh source ~$ABINIT/set_abienv.sh ``` しかしながら以下の理由により、これは有効ではないと思います。 - `$0`には実行中のコマンド名に置き換わりますが、`source`で読み込むと（インタラクティブに利用している）シェルの名前に置き換わります。これは意図された動作と異なります。 - `./set_abienv.sh`と**実行**すると、`$0`はコマンド名である`set_abienv.sh`に置き換えられ、（コンソールに出力されるように）意図した環境変数が設定されますが、その環境変数は実行終了と共に消滅し、呼び出し元のシェルには引き継がれません。

export ABI_HOME=$ABINIT
export ABI_TEST=$ABI_HOME/tests/
export ABI_PSPDIR=$ABI_TEST/Psps_for_tests/
export OMP_NUM_THREADS=1

チュートリアル例題は、$ABINIT/tests/tutorial/Inputにあります。 公式サイトの説明に沿って、その下にWorkディレクトリを作成し、入力ファイルをコピーして使います。

cd $ABINIT/tests/tutorial/Input
mkdir Work
cd Work

一つ実行してみます。

cp ../tbase1_1.abi .
abinit tbase1_1.abi

正常に動作するとtbase1_1.aboなどのファイルが生成されます。 tbase1_1.aboは検証用の実行結果が添付されていますので、比較します。

diff tbase1_1.abo ../../Refs/

完全には一致しませんが、よく似た値が出力されていることを確認してください。

チュートリアルは、説明文（英語ですが）を含めてとても充実しています。 ぜひ取り組んでみてください。